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IPEN-DOC 14191
- BALDUINO, KELI N.
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Renaturacao em altas pressoes hidrostaticas de proteinas recombinantes agregadas em corpos de inclusao produzidos em Eschirichia coli
/ Refolding in high hydrostatic pressure of recombinant proteins from inclusion bodies in Escherichia Coli
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2009.
Dissertacao (Mestrado) -
Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP,
Sao Paulo.
68 p.
Orientador: Ligia Ely Morganti Ferreira Dias.
DOI:
10.11606/D.85.2009.tde-19112009-095254
Abstract: A expressão de proteínas na forma de corpos de inclusão em bactérias é uma alternativa muito interessante para obtenção de proteínas recombinantes. No entanto, a agregação é uma dificuldade frequentemente encontrada durante a renaturação dessas proteínas. Altas pressões hidrostáticas são capazes de solubilizar os corpos de inclusão na presença de baixas concentrações de reagentes desnaturantes, favorecendo a renaturação protéica com alto rendimento e redução de custos. O presente trabalho tem como objetivo a renaturação de proteínas recombinantes expressas em Escherichia coli sob a forma de corpos de inclusão usando altas pressões hidrostáticas. Três toxinas, todas apresentando cinco ou mais pontes dissulfídicas foram estudadas: NXH8, Naterina 2 e Bothropstoxina 1. Suspensões dos corpos de inclusão das três proteínas foram pressurizadas em 2000 bares de pressão durante 16 horas. Os tampões de renaturação foram otimizados para as três proteínas. O tampão utilizado no processo de renaturação da NXH8 foi Tris HCl 50 mM, pH 9,0 com proporção de 1GSH:4GSSG em concentração de 6 mM e 2 M GdnHCl. Foram utilizados corpos de inclusão em D.O.(A600nm) de 0,5. Após o processo de renaturação foi realizada diálise em pH 7,0. O rendimento final de recuperação de NXH8 solúvel foi de 40%, sendo obtidos 28,6 mg/L de meio de cultura. A renaturação de Bothropstoxina 1 foi obtida em tampão de renaturação Tris HCl 50 mM pH 7,5 na proporção de 2 GSH:3 GSSG em concentração de 3 mM e 1 M GdnHCl. Utilizamos uma suspensão com D.O.(A600nm) de 0,5. O rendimento final de recuperação de Bothropstoxina 1 renaturada foi de 32 %, obtendo-se 9,2 mg/L de meio de cultura. A renaturação de Naterina 2 foi obtida em tampão de renaturação com 20 mM de Tris HCl pH 9,0 na proporção de 2 GSH:3 GSSG e concentração de 10 mM e 1 M GdnHCl e corpos de inclusão na D.O. (A600nm) de 6,0. Foram obtidas 3,7 mg de Nateria 2 renaturada /L de meio de cultura (20% de recuperação a partir dos corpos de inclusão). O rendimento da Naterina 2 renaturada foi de 20 %. Para a análise e a comprovação da eficácia do processo de renaturação sob pressão foram utilizadas as técnicas de SDS-PAGE, western blot, microscopia eletrônica de varredura, ensaios biológicos in vivo e in vitro e estruturais. As análises físicoquímicas realizadas em NXH8 não mostraram nenhuma comprovação da sua renaturação. O ensaio in vivo realizado com a Naterina 2 mostrou uma leve atividade de contração de vênulas, indicando que ela esteja em sua conformação correta. Os ensaios in vitro com a Bothropstoxina 1 mostraram uma atividade citotóxica dose-dependente em células musculares.
Palavras-Chave: proteins; bacteria; escherichia coli; hydrostatics; pressurization; inclusions; agglomeration; spectroscopy
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IPEN-DOC 06917
- AFFONSO, REGINA
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Estudo da expressao citoplasmica bacteriana de uma forma de prolactina humana e de sua solubilizacao e renaturacao a partir de corpos de inclusao.
2000.
Tese (Doutoramento) -
Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP,
Sao Paulo.
105 p.
Orientador: Paolo Bartolini.
Palavras-Chave: lth; escherichia coli; cytoplasm; bacteriophages; recombinant dna; separation processes; solubility; purification; hormones; genes; bacteria
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IPEN-DOC 07504
- BLAY, CLAUDIA C.
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Analise comparativa da reducao bacteriana com irradiacao do laser Er:YAG ou ponta montada em alta rotacao apos remocao de tecido cariado em dentina: estudo in anima nobile.
2001.
Dissertacao (Mestrado Profissionalizante em Lasers em Odontologia) -
Intituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares, IPEN/CNEN-SP; Faculdade de Odontologia, Universidade de Sao Paulo,
Sao Paulo.
105 p.
Orientador: Denise Maria Zezell.
Coorientador: Eduardo de Bortoli Groth.
Palavras-Chave: dentistry; lasers; therapeutic uses; teeth; caries; dentin; bacteria; radiation effects; comparative evaluations; erbium
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IPEN-DOC 07546
- BORRELY, SUELI I.
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Reducao da toxidade aguda de efluentes industriais e domesticos tratados por irradiacao com feixe de eletrons, avaliada com as especies Vibrio fischeri, Daphnia similis e Poecilia reticulata.
2001.
Tese (Doutoramento) -
Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP,
Sao Paulo.
113 p.
Orientador: Carlos Henrique de Mesquita.
Palavras-Chave: industrial wastes; waste water; waste processing; irradiation; ionizing radiations; toxicity; radiation effects; liquid wastes; electron beams; bacteria; daphnia; fishes
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IPEN-DOC 10429
- HASHIMOTO, MARIA C.E.
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Redução bacteriana com diodo emissor de luz azul associado ao fotossensibilizador rodamina ácida B: estudo in vitro sobre Streptococcus mutans.
2005.
Dissertacao (Mestrado Profissionalizante em Lasers em Odontologia) -
Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP,
São Paulo.
56 p.
Orientador: Martha Simoes Ribeiro.
Coorientador: Edgar Yuji Tanji.
Palavras-Chave: dentistry; lasers; teeth; bacteria; dyes; combined therapy
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IPEN-DOC 12221
- YAMADA JUNIOR, AECIO M.
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Estudo dos efeitos da terapia fotodinâmica em periodontite induzida em ratos.
2007.
Tese (Doutoramento) -
Instituto de Pesquisas Energéticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP,
São Paulo.
Orientador: Martha Simoes Ribeiro.
DOI:
10.11606/T.85.2007.tde-15052012-135447
Abstract: O objetivo deste trabalho foi observar a ação da terapia fotodinâmica (PDT) antimicrobiana do azul de metileno (AM) frente ao Aggregatibacter actinomycetemcomitans em estudo in vitro e em periodontite induzida em ratos. No estudo in vitro foram utilizadas suspensões de cultura de A. Actinomycetemcomitans selvagens na avaliação de diferentes parâmetros de irradiação na busca de otimizar a redução bacteriana. No estudo in vivo foram selecionados 20 ratos Wistar machos, adultos, com massa corpórea semelhante de aproximadamente 300 g. Os animais foram submetidos a uma antibioticoterapia durante cinco dias. A indução foi elaborada através da colocação de ligaduras embebidas em A. actinomycetemcomitans por um período de 15 dias. Após este período, observou-se clinicamente e por sondagem a presença da doença sendo os animais divididos em dois grupos: Grupo RM (n=10) - remoção mecânica de placa e Grupo RM + PDT (n=10) - remoção mecânica de placa + terapia fotodinâmica. Para a PDT, o azul de metileno a 0,01% foi aplicado topicamente diretamente nas bolsas periodontais que foram então irradiadas com um laser de emissão vermelha, A = 660nm, P= 100 mW, t= 54s e E= 5,4 J. Foram realizadas coletas microbiológicas antes, imediatamente após tratamento, 3 dias e sete dias para análises por cultura e reação de polimerase em cadeia (PCR). Os resultados microbiológicos obtidos no experimento in vitro apresentaram uma eficácia da terapia fotodinamica frente ao A. actinomycetemcomitans, 98,4% quando irradiado com uma energia de 5,4J e 99,9% com energia de 9J. No estudo in vivo, foi obtida uma redução microbiana de 93,5% no grupo RM+PDT, frente a uma redução de 87,7% no grupo RM. No controle do dia 7 foi observado uma recolonização em ambos os grupos. As análises por PCR confirmaram a presença do microorganismo em todas as coletas. Estes estudos sugerem que a terapia fotodinâmica pode ser uma alternativa promissora para sua utilização coadjuvante em periodontia.
Palavras-Chave: therapy; dentistry; antimicrobial agents; methylene blue; rats; bacteria; photosensitivity; lasers; in vivo; in vitro; laser radiation; oral cavity
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IPEN-DOC 08363
- RADAELLI, CLAUDIA A.R. de M.
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Avaliacao da reducao bacteriana em conduto radicular infectado e irradiado com laser de diodo estudo in vitro.
2002.
Dissertacao (Mestrado Profissionalizante em Lasers em Odontologia) -
Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares, IPEN/CNEN-SP; Faculdade de Odontologia, Universidade de Sao Paulo,
Sao Paulo.
122 p.
Orientador: Sheila Cynthia Gouw Soares.
Coorientador: Denise Maria Zezell.
Palavras-Chave: dentistry; lasers; therapeutic uses; teeth; infectivity; in vitro; bacteria; morphological changes; semiconductor lasers; gallium arsenides; aluminium arsenides
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IPEN-DOC 08344
- GARCEZ, AGUINALDO S.
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Laser em baixa intensidade associado a fotossensibilizador para reducao bacteriana intracanal comparado ao controle quimico.
2002.
Dissertacao (Mestrado Profissionalizante em Lasers em Odontologia) -
Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares, IPEN/CNEN-SP; Faculdade de Odontologia, Universidade de Sao Paulo,
Sao Paulo.
91 p.
Orientador: Martha Simoes Ribeiro.
Coorientador: Jose Luiz Lage Marques.
Palavras-Chave: dentistry; lasers; therapeutic uses; teeth; infectivity; bacteria; therapy; sodium chlorides; dyes; in vitro
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IPEN-DOC 18596
- RODRIGUES, DANIELLA
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Utilização de altas pressões hidrostáticas para o estudo e renaturação de proteínas com estrutura quaternária
/ Utilization of high hydrostatic pressure for the study and refolding of proteins with quaternary structure
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2012.
Dissertação (Mestrado) -
Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP,
São Paulo.
106 p.
Orientador: Ligia Ely Morganti Ferreira Dias.
DOI:
10.11606/D.85.2012.tde-06032013-144803
Abstract: A produção de proteínas recombinantes é uma ferramenta essencial para a indústria biotecnológica e suporta a expansão da pesquisa biológica moderna. Uma variedade de hospedeiros pode ser utilizada para produzir estas proteínas e dentre eles, as bactérias E. coli são as hospedeiras mais utilizadas. No entanto, a expressão heteróloga de genes em E. coli frequentemente resulta em um processo de enovelamento incompleto que leva ao acúmulo de agregados insolúveis, conhecidos como corpos de inclusão (CI). Altas pressões hidrostáticas são capazes de desfavorecer interações intermoleculares hidrofóbicas e eletrostáticas, levando à dissociação dos agregados e por isso são úteis para solubilizar e renaturar proteínas agregadas em CI. O presente trabalho teve como objetivo o estudo do processo de desagregação dos CI e de renaturação das proteínas oligoméricas subunidade B da toxina colérica (CTB) e região globular da fibra adenoviral (RGFA) utilizando altas pressões hidrostáticas. A toxina colérica (CT) é composta por uma subunidade A e cinco subunidades B combinadas em uma holotoxina AB5. A CTB é a porção pentamérica não tóxica da CT, responsável pela ligação da holotoxina ao receptor gangliosídeo GM1. A fibra do adenovírus é uma proteína homotrimérica que forma parte do capsídeo viral, organizada em três regiões: a cauda N-terminal, a haste central e a região C-terminal (região globular). A RGFA se liga à proteína de membrana CAR nas células hospedeiras e promove a internalização do vírus. Os estudos apresentados neste trabalho demonstraram que a alta pressão hidrostática foi eficaz na desagregação dos CI da CTB e da RGFA. As condições de renaturação foram otimizadas utilizando-se diferentes proporções do par redox glutationa oxidada e reduzida, concentrações de agentes caotrópicos, presença de aditivos e esquemas diferenciados de compressão/descompressão daqueles previamente descritos na literatura. CTB solúvel e pentamérica foi obtida pela compressão da suspensão de CI a 2,4 kbar por 16 horas em tampão TrisHCl 50 mM pH 8,5, 1 mM de tween 20 e descompressão direta seguida de incubação em pressão atmosférica. O rendimento de renaturação da CTB solúvel e pentamérica foi de até 45 % e 288 mg de CTB/litro de cultura bacteriana. Esta proteína apresentou estrutura regular e atividade biológica. RGFA trimérica foi obtida pela compressão da suspensão de CI em tampão TrisHCl 50 mM pH 8,0 e 0,5 M de L-arginina a 2,4 kbar por 1,5 horas e 0,4 kbar por 16 horas antes da completa descompressão. O rendimento de proteína solúvel trimérica da RGFA foi de 4 %, porém não foi possível obter a atividade biológica desta proteína.
Palavras-Chave: proteins; bacteria; escherichia coli; inclusions; hydrostatics; pressurization
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IPEN-DOC 14044
- PEREIRA, MARCO A. dos S.
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Estudo da acao da radiacao gama de sup(60)Co sobre Salmonella poona, Escherichia coli e Alicyclobacillus Acidoterrestris em polpa de manga congelada
/ Study of the action of 60Co gamma radiation on Salmonella poona, Escherichia coli and Alicyclobacillus acidoterrestris in mango pulp
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2009.
Tese (Doutoramento) -
Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP,
Sao Paulo.
93 p.
Orientador: Nelida Lucia Del Mastro.
DOI:
10.11606/T.85.2009.tde-27102009-100426
Abstract: A aplicação de tratamentos não-térmicos têm se mostrado eficiente na inibição de bactérias como Salmonella spp e Escherichia coli. A manga é uma fruta de consumo nacional que possui grande potencial de exportação. Entretanto, surtos de doenças transmitidas por alimentos relacionados a essa fruta provocaram desconfiança sobre o grau de segurança alimentar oferecido pelo produto. O objetivo deste trabalho foi determinar a radiorresistência das bactérias Escherichia coli, Salmonella poona e Alicyclobacillus acidoterrestris na polpa de manga através do cálculo do valor D10 e conhecer o efeito da radiação gama sobre as características organolépticas de polpa de manga. Foi também estabelecido o perfil microbiológico de polpas de manga congeladas disponíveis no mercado utilizando métodos convencionais de plaqueamento e Número Mais Provável (NMP). As polpas contaminadas experimentalmente com as bactérias citadas acima foram irradiadas com doses de 0, 1, 2, 3, 4 e 5 kGy, em fonte de 60Co. A análise sensorial foi feita utilizando dose de 5 kGy, aplicando o teste triangular e o teste de aceitação com escala hedônica. Os resultados deste trabalho mostram que a qualidade das polpas de manga comercializadas não é satisfatória de acordo com os padrões estabelecidos pela lei brasileira e pela literatura, mostrando a necessidade da implantação de outras ferramentas para se alcançar níveis de qualidade aceitáveis. Os valores de D10 obtidos se situaram entre 1,01 e 1,09kGy para E. coli ATCC 8739, entre 0,6 e 0,98kGy para S. poona e entre 0,72 e 0,88kGy para A. acidoterrestris respectivamente. A análise sensorial mostrou que a dose de 5kGy alterou as características sensoriais da polpa de manga. Entretanto, quando a polpa irradiada foi utilizada como ingrediente, o produto obteve boa aceitação nos atributos de aparência geral, sabor e aroma.
Palavras-Chave: food processing; fruits; mangoes; market; brazil; gamma radiation; cobalt 60; radiation doses; radiation effects; radiosensitivity; sensors; salmonella; escherichia coli; bacteria; food industry
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O gerenciamento do Repositório está a cargo da Biblioteca do IPEN. Constam neste RI, até o presente momento 20.950 itens que tanto podem ser artigos de periódicos ou de eventos nacionais e internacionais, dissertações e teses, livros, capítulo de livros e relatórios técnicos. Para participar do RI-IPEN é necessário que pelo menos um dos autores tenha vínculo acadêmico ou funcional com o Instituto. Nesta primeira etapa de funcionamento do RI, a coleta das publicações é realizada periodicamente pela equipe da Biblioteca do IPEN, extraindo os dados das bases internacionais tais como a Web of Science, Scopus, INIS, SciElo além de verificar o Currículo Lattes. O RI-IPEN apresenta também um aspecto inovador no seu funcionamento. Por meio de metadados específicos ele está vinculado ao sistema de gerenciamento das atividades do Plano Diretor anual do IPEN (SIGEPI). Com o objetivo de fornecer dados numéricos para a elaboração dos indicadores da Produção Cientifica Institucional, disponibiliza uma tabela estatística registrando em tempo real a inserção de novos itens. Foi criado um metadado que contém um número único para cada integrante da comunidade científica do IPEN. Esse metadado se transformou em um filtro que ao ser acionado apresenta todos os trabalhos de um determinado autor independente das variáveis na forma de citação do seu nome.
A elaboração do projeto do RI do IPEN foi iniciado em novembro de 2013, colocado em operação interna em julho de 2014 e disponibilizado na Internet em junho de 2015. Utiliza o software livre Dspace, desenvolvido pelo Massachusetts Institute of Technology (MIT). Para descrição dos metadados adota o padrão Dublin Core. É compatível com o Protocolo de Arquivos Abertos (OAI) permitindo interoperabilidade com repositórios de âmbito nacional e internacional.
1. Portaria IPEN-CNEN/SP nº 387, que estabeleceu os princípios que nortearam a criação do RDI, clique aqui.
2. A experiência do Instituto de Pesquisas Energéticas e Nucleares (IPEN-CNEN/SP) na criação de um Repositório Digital Institucional – RDI, clique aqui.
O Repositório Digital do IPEN é um equipamento institucional de acesso aberto, criado com o objetivo de reunir, preservar, disponibilizar e conferir maior visibilidade à Produção Científica publicada pelo Instituto, desde sua criação em 1956.
Operando, inicialmente como uma base de dados referencial o Repositório foi disponibilizado na atual plataforma, em junho de 2015. No Repositório está disponível o acesso ao conteúdo digital de artigos de periódicos, eventos, nacionais e internacionais, livros, capítulos, dissertações, teses e relatórios técnicos.
A elaboração do projeto do RI do IPEN foi iniciado em novembro de 2013, colocado em operação interna em julho de 2014 e disponibilizado na Internet em junho de 2015. Utiliza o software livre Dspace, desenvolvido pelo Massachusetts Institute of Technology (MIT). Para descrição dos metadados adota o padrão Dublin Core. É compatível com o Protocolo de Arquivos Abertos (OAI) permitindo interoperabilidade com repositórios de âmbito nacional e internacional.
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