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IPEN-DOC 19842
- LIMA, V.M.F. de
;- SPENCER, P.
; - HANKE, W.
. Interaction of small cationic peptides with intact basement membranes. A study using intrinsic optical signals of click retinas. Current Medicinal Chemistry, v. 21, n. 12, p. 1458-1466, 2014.Palavras-Chave: snakes; venoms; toxicity; drugs; delivery; optical systems; signals; chickens; retina
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IPEN-DOC 18312
- SILVA, J.A.A. da
;- SPENCER, P.
; - CAMILLO, M.A.
; - LIMA, V.M.F. de
. Gyroxin and its biological activity: effects on CNS basement membranes and endothelium and protease-activated receptors. Current Medicinal Chemistry, v. 19, n. 2, p. 281-291, 2012.Palavras-Chave: snakes; venoms; enzyme activity; serine proteinases; receptors; central nervous system; nerve cells; retina
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IPEN-DOC 17221Modulation of CNS excitability by water movement. The Dsub(2)O effects on the non-linear neuron-glial dynamics. Journal of Biophysical Chemistry, v. 2, n. 3, p. 353-360, 2011.
Palavras-Chave: central nervous system; retina; water; heavy water; nerve cells
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IPEN-DOC 26419
- PRETTO, LUCAS R. de
; - MOULT, ERIC M.
;- ALIBHAI, A.Y.
;- CARRASCO-ZEVALLOS, OSCAR M.
;- CHEN, SIYU
;- LEE, BYUNGKUN
;- WITKIN, ANDRE J.
;- BAUMAL, CAROLINE R.
;- REICHEL, ELIAS
;- FREITAS, ANDERSON Z. de
; - DUKER, JAY S.
;- WAHEED, NADIA K.
;- FUJIMOTO, JAMES G.
. Controlling for artifacts in widefield optical coherence tomography angiography measurements of non-perfusion area. Scientific Reports, v. 9, p. 1-15, 2019. DOI: 10.1038/s41598-019-43958-1 Abstract: The recent clinical adoption of optical coherence tomography (OCT) angiography (OCTA) has enabled non-invasive, volumetric visualization of ocular vasculature at micron-scale resolutions. Initially limited to 3 mm × 3 mm and 6 mm × 6 mm fields-of-view (FOV), commercial OCTA systems now offer 12 mm × 12 mm, or larger, imaging fields. While larger FOVs promise a more complete visualization of retinal disease, they also introduce new challenges to the accurate and reliable interpretation of OCTA data. In particular, because of vignetting, wide-field imaging increases occurrence of low-OCT-signal artifacts, which leads to thresholding and/or segmentation artifacts, complicating OCTA analysis. This study presents theoretical and case-based descriptions of the causes and effects of low-OCTsignal artifacts. Through these descriptions, we demonstrate that OCTA data interpretation can be ambiguous if performed without consulting corresponding OCT data. Furthermore, using wide-field non-perfusion analysis in diabetic retinopathy as a model widefield OCTA usage-case, we show how qualitative and quantitative analysis can be confounded by low-OCT-signal artifacts. Based on these results, we suggest methods and best-practices for preventing and managing low-OCT-signal artifacts, thereby reducing errors in OCTA quantitative analysis of non-perfusion and improving reproducibility. These methods promise to be especially important for longitudinal studies detecting progression and response to therapy.Palavras-Chave: ophthalmology; retina; biomedical radiography; tomography; vascular diseases; optical equipment; coherent radiation; images; blood vessels; beam scanners
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IPEN-DOC 26682
- ISHIBAZAWA, AKIHIRO
;- PRETTO, LUCAS R. de
; - ALIBHAI, A. YASIN
;- MOULT, ERIC M.
;- ARYA, MALVIKA
;- SOROUR, OSAMA
;- MEHTA, NIHAAL
;- BAUMAL, CAROLINE R.
;- WITKIN, ANDRE J.
;- YOSHIDA, AKITOSHI
;- DUKER, JAY S.
;- FUJIMOTO, JAMES G.
;- WAHEED, NADIA K.
. Retinal nonperfusion relationship to arteries or veins observed on widefield optical coherence tomography angiography in diabetic retinopathy. Investigative Ophthalmology & Visual Science, v. 60, n. 13, p. 4310-4318, 2019. DOI: 10.1167/iovs.19-26653 Abstract: PURPOSE. To evaluate whether retinal capillary nonperfusion is found predominantly adjacent to arteries or veins in eyes with diabetic retinopathy (DR). METHODS. Sixty-three eyes from 44 patients with proliferative DR (PDR) or non-PDR (NPDR) were included. Images (12 3 12-mm) foveal-centered optical coherence tomography (OCT) angiography (OCTA) images were taken using the Zeiss Plex Elite 9000. In 37 eyes, widefield montages with five fixation points were also obtained. A semiautomatic algorithm that detects nonperfusion in full-retina OCT slabs was developed, and the percentages of capillary nonperfusion within the total image area were calculated. Retinal arteries and veins were manually traced. Based on the shortest distance, nonperfusion pixels were labeled as either arterial-side or venous-side. Arterial-adjacent and venous-adjacent nonperfusion and the A/V ratio (arterial-adjacent nonperfusion divided by venous-adjacent nonperfusion) were quantified. RESULTS. Twenty-two eyes with moderate NPDR, 16 eyes with severe NPDR, and 25 eyes with PDR were scanned. Total nonperfusion area in PDR (median: 8.93%) was greater than in moderate NPDR (3.49%, P < 0.01). Arterial-adjacent nonperfusion was greater than venousadjacent nonperfusion for all stages of DR (P < 0.001). The median A/V ratios were 1.93 in moderate NPDR, 1.84 in severe NPDR, and 1.78 in PDR. The A/V ratio was negatively correlated with the total nonperfusion area (r ¼ 0.600, P < 0.0001). The results from the widefield montages showed similar patterns. CONCLUSIONS. OCTA images with arteries and veins traced allowed us to estimate the nonperfusion distribution. In DR, smaller nonperfusion tends to be arterial-adjacent, while larger nonperfusion tends toward veins.Palavras-Chave: tomography; optical modes; optical equipment; diabetes mellitus; blood vessels; ischemia; retina; veins
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IPEN-DOC 13044Central nervous tissue: an excitable medium. A study using the retinal spreading depression as a tool. Philosophical Transactions of the Royal Society of London, A. Biological Sciences, v. 366, p. 359-368, 2008.
Palavras-Chave: central nervous system; brain; retina; excitation; wave propagation; central nervous system depressants
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IPEN-DOC 27713
- LIMA, VERA M.F. de
; - PEREIRA JUNIOR, ALFREDO
;- OLIVEIRA, GUILHERME L. de
. The spreading depression propagation: how electrochemical patterns distort or create perception. Open Journal of Biophysics, v. 11, n. 2, p. 133-146, 2021. DOI: 10.4236/ojbiphy.2021.112003 Abstract: At the transition from quiescence to propagating waves recorded in isolated retinas, a circular electric current closes in the extracellular matrix; this circular current creates a magnetic torus flow that, when entering quiescent tissue in front of the wave, recruits elements and when leaving behind, helps to build the absolute refractory state. The waving magnetic torus is the consequence of the vortex effect and explains the energy boost that drives propagation. Methods: We interpret experimental results from intrinsic and extrinsic fluorescence dyes, voltage, calcium and pH sensitive, optical signals from isolated retinas, and time series recordings using ion exchange resins: Ca, K, pH, Na, Cl recorded extracellularly at retinas, cerebellums and cortices coupled to spreading depression waves. Finally, we checked the ECoG activity, also a time series, at the transition from after discharges to spreading depression in rat hippocampus. Results: The integrated assessment of the diversified measurements led to the realization that the magnetic flow at the wavefront is a major contributor to the wave propagation mechanisms. This flow couples mass and charge flows as a swirling torus from excited to quiescent tissue. Conclusions: An alternative model of the brain is possible, apart from the classical HH and molecular biology model. Physical chemistry of charged gels and its flows explains the results. The conceptual framework uses far from equilibrium thermodynamics.Palavras-Chave: brain; electrochemistry; retina; resonance; central nervous system; vortices; vortex flow
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IPEN-DOC 27836
- LIMA, VERA M.F. de
; - HANKE, WOLFGANG
. Reversibility of excitation waves in brain and heart and the energy of interfacial water: Can reversibility be explained by it?. Progress in Biophysics and Molecular Biology, v. 162, p. 129-140, 2021. DOI: 10.1016/j.pbiomolbio.2020.11.002 Abstract: In this manuscript, we interpret the implications of a discovery we made in 1993 for the understanding of the spread of excitation waves in axon, central gray matter (isolated retina) and heart. We propose that the initial burst of energy dissipation in these waves measured as potentials drops, ionic activities marked changes or optical properties being mostly the effect of dissociated water becoming liquid water and be reversible due to the further on dissociation during the refractory period. We also propose experiments in order to falsify or agree with this conjecture.Palavras-Chave: retina; excitation; wave propagation; resonance; epilepsy
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IPEN-DOC 26892
- ALIBHAI, A.Y.
;- PRETTO, LUCAS R. de
; - MOULT, ERIC M.
;- OR, CHRIS
;- ARYA, MALVIKA
;- MCGOWAN, MITCHELL
;- CARRASCO-ZEVALLOS, OSCAR
;- LEE, BYUNGKUN
;- CHEN, SIYU
;- BAUMAL, CAROLINE R.
;- WITKIN, ANDRE J.
;- REICHEL, ELIAS
;- FREITAS, ANDERSON Z. de
; - DUKER, JAY S.
;- FUJIMOTO, JAMES G.
;- WAHEED, NADIA K.
. Quantification of retinal capillary nonperfusion in diabetics using wide-field optical coherence tomography angiography. RETINA, The Journal of Retinal and Vitreous Diseases, v. 40, n. 3, p. 412-420, 2020. DOI: 10.1097/IAE.0000000000002403 Abstract: Purpose: To combine advances in high-speed, wide-field optical coherence tomography angiography (OCTA) with image processing methods for semiautomatic quantitative analysis of capillary nonperfusion in patients with diabetic retinopathy (DR). Methods: Sixty-eight diabetic patients (73 eyes), either without retinopathy or with different degrees of retinopathy, were prospectively recruited for volumetric swept-source OCTA imaging using 12 mm · 12 mm fields centered at the fovea. A custom, semiautomatic software algorithm was used to quantify areas of capillary nonperfusion. Results: The mean percentage of nonperfused area was 0.1% (95% confidence interval: 0.0–0.4) in the eyes without DR; 2.1% (95% confidence interval: 1.2–3.7) in the nonproliferative DR eyes (mild, moderate, and severe), and 8.5% (95% confidence interval: 5.0–14.3) in the proliferative DR eyes. The percentage of nonperfused area increased in a statistically significant manner from eyes without DR, to eyes with nonproliferative DR, to eyes with proliferative DR. Conclusion: Capillary nonperfusion area in the posterior retina increases with increasing DR severity as measured by swept-source OCTA. Quantitative analysis of retinal nonperfusion on wide-field OCTA may be useful for early detection and monitoring of disease in patients with diabetes and DR.Palavras-Chave: tomography; coherent radiation; optical activity; optical properties; computerized tomography; ischemia; retina; diabetes mellitus; patients; perfused organs; capillaries; statistical data
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IPEN-DOC 27837
- FERREIRA, MERILYN S.
; - WETTER, NIKLAUS U.
. Diode-side-pumped, intracavity Nd:YLF/KGW/LBO Raman laser at 573 nm for retinal photocoagulation.
Optics Letters,
v. 46,
n. 3,
p. 508-511,
2021.
DOI:
10.1364/OL.411895
Abstract: Wavelengths in the yellow-orange range are of significant interest for retinal photocoagulation and are especially important in the case of diabetic retinopathy, which can cause blindness and affects 3.3% of all working-age adults. This work presents a highly-efficient, compact, and cost-efficient side-pumped, intracavity Raman configuration to achieve this objective. A side-pumped Nd:YLF/KGW/LBO frequency-doubled Raman laser producing 11.7 W of output power at 1147 nm with 21% of slope efficiency and 6 W of output power at 573.5 nm with 12% slope efficiency is demonstrated.
Palavras-Chave: retina; lasers; crystals; diode-pumped solid state lasers; ophthalmology; diabetes mellitus
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Autor: Maprelian
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.
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O gerenciamento do Repositório está a cargo da Biblioteca do IPEN. Constam neste RI, até o presente momento 20.950 itens que tanto podem ser artigos de periódicos ou de eventos nacionais e internacionais, dissertações e teses, livros, capítulo de livros e relatórios técnicos. Para participar do RI-IPEN é necessário que pelo menos um dos autores tenha vínculo acadêmico ou funcional com o Instituto. Nesta primeira etapa de funcionamento do RI, a coleta das publicações é realizada periodicamente pela equipe da Biblioteca do IPEN, extraindo os dados das bases internacionais tais como a Web of Science, Scopus, INIS, SciElo além de verificar o Currículo Lattes. O RI-IPEN apresenta também um aspecto inovador no seu funcionamento. Por meio de metadados específicos ele está vinculado ao sistema de gerenciamento das atividades do Plano Diretor anual do IPEN (SIGEPI). Com o objetivo de fornecer dados numéricos para a elaboração dos indicadores da Produção Cientifica Institucional, disponibiliza uma tabela estatística registrando em tempo real a inserção de novos itens. Foi criado um metadado que contém um número único para cada integrante da comunidade científica do IPEN. Esse metadado se transformou em um filtro que ao ser acionado apresenta todos os trabalhos de um determinado autor independente das variáveis na forma de citação do seu nome.
A elaboração do projeto do RI do IPEN foi iniciado em novembro de 2013, colocado em operação interna em julho de 2014 e disponibilizado na Internet em junho de 2015. Utiliza o software livre Dspace, desenvolvido pelo Massachusetts Institute of Technology (MIT). Para descrição dos metadados adota o padrão Dublin Core. É compatível com o Protocolo de Arquivos Abertos (OAI) permitindo interoperabilidade com repositórios de âmbito nacional e internacional.
1. Portaria IPEN-CNEN/SP nº 387, que estabeleceu os princípios que nortearam a criação do RDI, clique aqui.
2. A experiência do Instituto de Pesquisas Energéticas e Nucleares (IPEN-CNEN/SP) na criação de um Repositório Digital Institucional – RDI, clique aqui.
O Repositório Digital do IPEN é um equipamento institucional de acesso aberto, criado com o objetivo de reunir, preservar, disponibilizar e conferir maior visibilidade à Produção Científica publicada pelo Instituto, desde sua criação em 1956.
Operando, inicialmente como uma base de dados referencial o Repositório foi disponibilizado na atual plataforma, em junho de 2015. No Repositório está disponível o acesso ao conteúdo digital de artigos de periódicos, eventos, nacionais e internacionais, livros, capítulos, dissertações, teses e relatórios técnicos.
A elaboração do projeto do RI do IPEN foi iniciado em novembro de 2013, colocado em operação interna em julho de 2014 e disponibilizado na Internet em junho de 2015. Utiliza o software livre Dspace, desenvolvido pelo Massachusetts Institute of Technology (MIT). Para descrição dos metadados adota o padrão Dublin Core. É compatível com o Protocolo de Arquivos Abertos (OAI) permitindo interoperabilidade com repositórios de âmbito nacional e internacional.
O gerenciamento do Repositório está a cargo da Biblioteca do IPEN. Constam neste RI, até o presente momento 20.950 itens que tanto podem ser artigos de periódicos ou de eventos nacionais e internacionais, dissertações e teses, livros, capítulo de livros e relatórios técnicos. Para participar do RI-IPEN é necessário que pelo menos um dos autores tenha vínculo acadêmico ou funcional com o Instituto. Nesta primeira etapa de funcionamento do RI, a coleta das publicações é realizada periodicamente pela equipe da Biblioteca do IPEN, extraindo os dados das bases internacionais tais como a Web of Science, Scopus, INIS, SciElo além de verificar o Currículo Lattes. O RI-IPEN apresenta também um aspecto inovador no seu funcionamento. Por meio de metadados específicos ele está vinculado ao sistema de gerenciamento das atividades do Plano Diretor anual do IPEN (SIGEPI). Com o objetivo de fornecer dados numéricos para a elaboração dos indicadores da Produção Cientifica Institucional, disponibiliza uma tabela estatística registrando em tempo real a inserção de novos itens. Foi criado um metadado que contém um número único para cada integrante da comunidade científica do IPEN. Esse metadado se transformou em um filtro que ao ser acionado apresenta todos os trabalhos de um determinado autor independente das variáveis na forma de citação do seu nome.